1999年度国家自然科学奖授予了“重质量丰中子新核素的合成，鉴别和研究”等57个项目，其中二等奖10项、三等奖31项、四等奖16项。

　　1999年度国家技术发明奖授予了“高临界电流密度钇钡铜氧超导体材制备技术”等69个项目，其中二等奖13项、三等奖38项、四等奖18项。

　　1999年度国家科技进步奖授予了“FBC－1歼击轰炸机”等476个项目，其中“FBC－1歼击轰炸机”和“某新型导弹驱逐舰”两项获特等奖，一等奖17项、二等奖143项、三等奖314项。

　　本着宁缺毋滥的原则，1999年度国家自然科学奖和国家技术发明奖的一等奖空缺。

　　据统计，1999年度授奖人员总计达3659人，其中45岁以下中青年研究人员比例达46.5％。在今年国有自然科学奖中，有4项是香港特别行政区的科技人员完成。

　　中华人民共和国国际科技合作奖评出4人，分别是巴西的卡马戈，意大利的科伦博，日本的石本正一和美国的柯威尔。